Hay daños directos a la biodiversidad y 600 especies de animales con la construcción paralela de una carretera de parte del gobierno de Costa Rica frente al nicaragüense río San Juan, según estudio realizado por expertos del Centro de Investigación para los Recursos Acuáticos de la Universidad Nacional Autónoma de Nicaragua (CIRA-UNAN), el Centro Humboldt y la Fundación del Río que hicieron una investigación que ofreció un diagnóstico de campo por un año.

Los experto señalan que “los impactos a la diversidad destacan los daños directos sobre la zona del corredor binacional para 44 especies en su movilidad terrestre y acuática, 600 por impacto en su hábitat, y 150 en su condición de irreemplazables",dice.

"Al menos 100 kilómetros lineales de la carretera fueron construidos en estas zonas de alta fragilidad y sensibilidad ecológica", señala el informe, titulado "Valoración de impactos ambientales causados por la construcción de la ruta 1856-Juan Rafael Mora Porras, en la parte baja de la cuenca del río San Juan".

La carretera, considerada como "el proyecto estrella" de la presidenta costarricense, Laura Chinchilla, provocó un litigio internacional a Nicaragua y Costa Rica ante la Corte Internacional de Justicia. Esta vía fue construida junto a la margen sur del río San Juan, línea natural que define parte de la frontera entre ambos países.

Nicaragua alega que los sedimentos arrojados desde Costa Rica contaminan el río, atentan contra su biodiversidad, ponen en riesgo la vida de las poblaciones cercanas y viola leyes internacionales de protección ambiental. El estudio indica que "las alteraciones provocadas (por la carretera), son significativas y ponen en peligro la conectividad biológica del istmo (centroamericano)".

En un mínimo de 100 kilómetros lineales, la vía afectó "35 hectáreas de bosque y 300 hectáreas de suelo, más 39 puntos críticos", afirma el informe de los expertos. Los puntos críticos son sitios que ya eran propensos a inundaciones y deslizamientos de tierra antes de la construcción.

Para obtener resultados comprobables, los investigadores se basaron en la metodología del Centro de Coordinación para la Prevención de los Desastres Naturales en América Central (Cepredenac), para la evaluación y análisis de vulnerabilidad de obras de inversión pública.

Los científicos descubrieron que la carretera está en niveles de "alto riesgo", que puede afectar negativamente la calidad de vida de las personas. En sitios así el Cepredenac recomienda "no construir". El informe destaca que la construcción "cambió el uso de suelo, afectó la calidad del agua y puso en riesgo a la población".

El estudio realizado a lo largo de 2012 determinó que hay lugares en el río San Juan de Nicaragua en que el oxígeno disminuyó hasta en un 40 %, gracias a la saturación de sedimentos causados por la carretera. Dichos sedimentos, según el informe, contienen "altos niveles de aluminio y manganeso... la calidad del agua (es) pobre y (hay) contaminación orgánica severa".

Los estudios indican, basado en la legalidad de ambas naciones y legislación internacional que los ticos nunca debió construir la carretera ya que está la Reserva de Biosfera (sureste de Nicaragua) y un sitio Ramsar (noreste de Costa Rica).

Dos organizaciones ambientalistas nicaragüenses presentaron una acusación al gobierno de Costa Rica en la Corte Centroamericana de Justicia, la cual ordenó suspender el proyecto en agosto de 2012.

La mandataria Chinchilla anunció que no obedecería su mandato. Las aguas del Rio San Juan se mueven a una velocidad de 500 metros cúbicos por segundo, razón por la cual el cuerpo de agua, es valorado de ser el más caudaloso de Centroamérica.